日本VPS主机在某些方面存在一些缺点，可能对网站的功能和访问速度产生影响。以下是具体情况：

1、遭到公司限制的功能

日本VPS主机可能遭到公司的限制，某些功能遭到限制，特别是那些可能耗用系统资源的功能，如论坛程序和流量统计功能等。这可能会限制网站的发展和功能扩大。

2、网站访问速度较慢

某些日本VPS主机可能存在网站访问速度较慢的问题。这多是由于主机提供商将一台主机出租给众多网站，致使资源共享问题，或由于服务器配置等方面的缘由。这类情况下，网站本身没法解决，对网站的正常访问会产生不利影响。

总结：

日本VPS主机存在某些缺点，包括遭到公司限制的功能和较慢的网站访问速度。这些问题可能会对网站的功能和用户体验产生影响。在选择日本VPS主机时，需要斟酌这些缺点，并权衡其对网站运行的影响。根据具体需求和预算，选择合适的VPS主机解决方案。