保护VPS服务器的方法包括以下因素有哪些：

首先，重新设置VPS服务器的用户名和端口，以免黑客轻易破解利用。通过更改默许用户名并设置强密码，可以增加服务器的安全性。同时，修改远程登录端口，使用非默许端口可以减少被暴力破解的风险。

其次，对VPS服务器的文件夹权限进行适当的分配，以避免用户歹意篡改文件内容，加强服务器的数据安全性。可以设置只读权限或限制特定用户组的访问权限，确保只有授权用户可以对文件进行修改。

另外，给VPS服务器安装防护软件可以提高服务器的防御能力。例如，在Windows系统上可以安装杀毒软件、防火墙和安全工具等，这些软件可以帮助检测和拦截歹意攻击，保护服务器的安全性。安全狗是一种经常使用的服务器安全软件，可以提供系统的防护和攻击拦截功能。

除设置防护软件，定期查看服务器日志也是重要的一步。通过查看日志记录，可以发现异常信息并追溯攻击源头，及时采取相应的处理措施，提高服务器的安全性。