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blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx的不同与用法

发布时间:2023-08-07 07:56:05

blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx的不同与用法

blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx是NCBI提供的一系列用于序列比对的工具,主要用于在数据库中搜索类似序列。它们之间的不同和用法以下:
1. blastn:用于比对核酸序列(DNA或RNA)与数据库中的核酸序列。输入为核酸序列,输出为类似度高的核酸序列。
2. blastp:用于比对蛋白质序列与数据库中的蛋白质序列。输入为蛋白质序列,输出为类似度高的蛋白质序列。
3. blastx:用于比对核酸序列与数据库中的蛋白质序列。输入为核酸序列,输出为类似度高的蛋白质序列。blastx是通过将核酸序列进行六种可能的翻译(三种正向翻译和三种反向翻译)后,与蛋白质序列进行比对。
4. tblastn:用于比对蛋白质序列与数据库中的核酸序列。输入为蛋白质序列,输出为类似度高的核酸序列。tblastn是通过将蛋白质序列与数据库中的核酸序列进行比对。
5. tblastx:用于比对核酸序列与数据库中的核酸序列。输入为核酸序列,输出为类似度高的核酸序列。tblastx是通过将核酸序列进行六种可能的翻译(三种正向翻译和三种反向翻译)后,与数据库中的核酸序列进行比对。
使用这些工具时,通常需要指定输入序列文件和数据库文件,可以选择一些参数来优化比对结果。比对结果通常包括类似度得分、比对长度、E值等信息。根据具体的需求和研究目的,选择适合的比对工具和参数。