Linux服务器操作系统存在以下缺点：

1. 操作难度较大：Linux系统以命令行方式进行管理和操作，相对Windows系统的图形界面，需要一定的技术知识和熟习度。对不熟习Linux命令的用户来讲，操作会较为困难，需要花费时间来学习和适应。

2. 缺少专门的支持厂商：Linux是一个不要钱开源的操作系统，没有具体的支持厂商提供售后服务支持。用户在使用Linux系统时，可能会面临缺少专业技术支持的挑战，需要依托社区和在线资源来解决问题。

虽然存在这些缺点，Linux服务器操作系统也有其独特的优势，例如高度灵活性、稳定性和安全性。对有一定技术背景和需求的用户来讲，克服这些挑战并学会正确使用Linux系统，可以取得更大的自由度和控制权。