保护VPS主机时需要注意以下关键问题：

1. 网站安全性：确保网站的安全性，避免VPS主机遭到网站漏洞的影响。定期检查网站程叙文件会不会存在漏洞，并及时清除歹意程序，打补钉以修复漏洞。网站上的漏洞可能直接影响全部VPS主机系统的安全性。

2. 主机商的选择：选择专业可靠的主机商非常重要。合作的主机商应能够及时解决VPS主机故障问题，并提供良好的服务。在选择主机商时要仔细斟酌其口碑和信誉。

3. VPS主机系统的搭建：根据实际情况选择合适的VPS主机系统。对不熟习系统配置的用户，可使用一键安装包进行系统环境搭建。技术较好的用户可以自行配置系统环境。

4. 定期备份：即便采取了良好的安全措施，建议定期备份数据。可使用自动备份工具或定期手动备份，以避免故障产生后没法及时恢复数据。

5. 系统安全管理：使用系统自带的安全处理软件或第三方防护软件，提高VPS主机的安全性。定期更新系统的漏洞补钉，及时升级系统版本，以避免黑客利用漏洞攻击主机。

保护VPS主机需要关注网站安全、选择可靠主机商、适当搭建系统、定期备份数据和加强系统安全管理，这些关键问题能够提高VPS主机的稳定性和安全性。